Der 20-jährige Stürmer kam vor fünf Jahren von Guinea nach Italien und schloss sich der ASD Rinascita Refugees an, einem Amateurverein aus Copertino in der Provinz Lecce. Im Februar 2022 wechselte Cisse in die Nachwuchsabteilung von Atalanta Bergamo, wo er zunächst für die U19 spielte. Kurz darauf debütierte Cisse bereits in der Serie A, wo er in seinem ersten Spiel gleich den ersten Treffer erzielte. Zwei weitere Einsätze in der Serie A sollten folgen.
Im Sommer 2022 verlieh Bergamo den Stürmer nach Pisa, Anfang 2023 zum FC Südtirol. Im Sommer 2023 kehrte Cisse zurück zu Bergamo und spielte mit der U23 in der Serie C. In 18 Spielen schoss der rechtsfüssige Angreifer sechs Tore. Im Dezember 2023 folgte ein weiterer Kurzeinsatz bei den Profis in der Gruppenphase der Europa League. Moustapha Cisse wird beim FC St.Gallen 1879 das Trikot mit der Nummer 11 erhalten.
«Wir haben noch ein zusätzliches Element für unseren Angriff gesucht und es nun mit Moustapha gefunden. Er ist sehr dynamisch, torgefährlich und hat eine tolle Mentalität. Moustapha bringt viel mit, was unserem Spiel helfen kann und wir sind überzeugt, dass er bei uns weitere Entwicklungsschritte vollzieht», so Sportchef Roger Stilz.
