Der 23-jährige Schwede war im Sommer 2023 aus der Nachwuchsabteilung des FC Arsenal zum FC St.Gallen 1879 gestossen. Für die Espen absolvierte er 23 Pflichtspiele, in denen er ein Tor erzielte und einen weiteren Treffer vorbereitete.

Seit Sommer 2024 war Möller an den norwegischen Erstligisten Strømsgodset IF ausgeliehen, wo er in 24 Einsätzen fünf Tore und eine Vorlage beisteuerte. Der FCSG dankt Nikolaj Möller für seinen Einsatz und wünscht ihm persönlich sowie sportlich alles Gute.